Λόγω της προετοιμασίας και της συμμετοχής της Εθνικής Ανδρών στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα 2027, αλλά και στα προκριματικά του EURO 2028, το πρωτάθλημα θα διακοπεί συνολικά τέσσερις φορές (περίπου 100 ημέρες μαζί με τις διακοπές Χριστουγέννων και Πάσχα) και ως εκ τούτου ήταν επιβεβλημένη η αλλαγή στο σύστημα διεξαγωγής της Handball Premier.
Έτσι, για το φετινό τίτλο θα μονομαχήσουν απευθείας στα playoffs οι ομάδες που θα τερματίσουν στην 1η και 2η θέση της κανονικής διάρκειας, αντί για τις διασταυρώσεις 1-4 και 2-3 στα ημιτελικά που ίσχυαν έως το πρωτάθλημα της περασμένης σεζόν.
Α’ φάση
Όλοι εναντίον όλων σε 2 γύρους (22 αγωνιστικές)
Μετά το πέρας της Α’ φάσης η 11η και η 12η ομάδα της βαθμολογίας υποβιβάζονται στην Α2 Ανδρών.
Β’ φάση
Τελικός Πλέι οφ (1-2): Οι 2 πρώτες ομάδες θα αγωνιστούν στον τελικό και η ανάδειξη της πρωταθλήτριας ομάδας θα γίνει στις τρεις νίκες
Πλέι οφ για τις θέσεις 3-6: Δύο ζευγάρια 3-6 και 4-5 που θα αγωνιστούν στις 2 νίκες
Η νικήτρια ομάδα του ζευγαριού 3-6 καταλαμβάνει την 3η θέση και η νικήτρια ομάδα του ζευγαριού 4-5 την 4η θέση
Γ’ φάση
Οι ηττημένοι των ζευγαριών 3-6 και 4-5, θα αγωνιστούν σε μονό αγώνα στην έδρα της ομάδας που ήταν ψηλότερα στην κατάταξη της Α’ φάσης και η νικήτρια ομάδα θα καταλάβει την 5η ευρωπαϊκή θέση.